โรงพยาบาลนครธน เปิดดำเนินการอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 10 พฤศจิกายนพ.ศ. 2539 โดยสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริ นายก เสด็จเป็นองค์ประธานในการเปิดโรงพยาบาลฯ โรงพยาบาลนครธนมีจุดกำเนิด
จากคณะกลุ่มบุคคลคณะหนึ่งที่มีเจตนารมณ์ตรงกันที่ จะสร้างสถานพยาบาลชั้นดี มีมาตรฐานไว้รองรับบริการทางการแพทย์ และ สาธารณสุข ในพื้นที่กรุงเทพชั้นนอกด้านทิศใต้ และปริมณฑล จึงได้ทำการศึกษาการขยายตัวของประชาชนในฝั่ง ตะวันตกของกรุงเทพมหานคร (ธนบุรีด้านทิศใต้) พบว่าจะต้องมีการขยายตัวอย่างต่อเนื่องและเด่นชัด
จึงได้ดำเนินการ ก่อสร้างโรงพยาบาลนครธนขึ้นเพื่อรองรับการขยายตัวของประชากร ดังกล่าวอาคารของโรงพยาบาลนครธน ตัวอาคารมี 12 ชั้น สามารถรองรับผู้ป่วยในได้สูงถึง 500 เตียง ปัจจุบันเปิดดำเนินการที่ 150 เตียง ในการออกแบบเน้นการให้ความ สำคัญกับผู้มาใช้บริการเป็นอันดับแรก
โดยหน่วยพิเศษต่างๆ ได้แก่ ห้องผ่าตัด ห้องคลอด ห้อง ICU ห้องไตเทียม ได้จัดพื้นที่ไว้ในชั้นเดียวกันเพื่อให้การดูแลผู้ป่วยเป็นไปอย่างรวดเร็วใน กรณีฉุกเฉินต่างๆ การจัดระบบระบายอากาศและ ทางหนีไฟที่ได้มาตรฐาน การเชื่อมต่อระหว่างอาคารโรงพยาบาลและอาคารจอดรถ อีกทั้งมีสถานที่สำหรับจอดเฮลิคอปเตอร์
สำหรับผู้ป่วยฉุกเฉิน
โรงพยาบาลนครธน จัดเตรียมบริการการรักษาทางการแพทย์ในทุกสาขา ได้แก่ อายุรกรรม ศัลยกรรม สูติ-นรีเวช กุมาร ตา หู คอ จมูก นอกจากนี้ได้จัดให้มี บริการทางการแพทย์เฉพาะทางขึ้นเพื่อให้การรักษาครอบ
คลุมตามความต้องการของผู้ใช้บริการ อาทิ ศูนย์กระดูกและข้อ ศูนย์ผิวหนังความงามและเลเซอร์ ศูนย์สุขภาพ ศูนย์ทันตกรรม ศูนย์แม่และเด็ก ศูนย์เบาหวาน คลินิกหัวใจ เมดิคอลสปา เป็นต้น
ปัจจุบันโรงพยาบาลนครธน ได้ยืน หยัดรับใช้ประชาชนอย่างเข้มแข็ง ซึ่งถือเป็นความภาคภูมิใจของคณะผู้ก่อตั้ง ผู้ถือหุ้น แพทย์ พยาบาล และเจ้าหน้าที่ทุกแผนกทุกระดับในความสำเร็จที่เกิดขึ้น โรงพยาบาลนคร ธนเป็นสถานพยาบาลที่มีมาตรฐาน และได้พัฒนาศักยภาพให้รุดหน้าทั้งในเชิงคุณภาพ และปริมาณควบคู่กันไป สามารถตอบสนองความต้องการของประชาชนและสนองนโยบายของภาครัฐบาลได้อย่างลงตัว ที่สำคัญคือการธำรงรักษาเจตนารมณ์ที่ ตั้งไว้แต่เริ่มแรกได้อย่างมั่นคง สามารถสร้างความพอใจให้กับผู้มาใช้บริการได้ในระดับดี ได้รับการไว้วางใจจากประชาชน และองค์กรที่เกี่ยวข้องตลอดจนภาค รัฐบาลอย่างสมบูรณ์สมกับคำขวัญที่กำหนดไว้ ว่า มาตรฐาน ฉับไว มั่นใจบริการ